Sal de la habitación y volverás al Durandal. Allí decidiremos destruir la Song of Nephilim de una vez por todas. Cargamos los cañones de la fundación y disparamos, pero algo sale mal. Albedo trae una nueva estructura desde quién sabe dónde, y esta vez es la poderosa Proto Merkabah.

Proto Merkabah: Esta nave espacial fue diseñada por el genio Joachim Mizrahi hace muchos años atrás. Fue construida exclusivamente para crear a MOMO y realizar experimentos relacionados con el Zohar. El juego nos informa de que esta estructura, al unirse con la Song of Nephilim y el Zohar original, puede llevar a algún tipo de evento muy peligroso. La teoría es que estas tres estructuras unidas causaron la destrucción de Miltia y la llegada masiva de Gnosis al universo. Después de esos sucesos, la federación arrojó el Proto Merkabah a un doble hoyo negro del cual fue rescatado por Albedo por medios aun desconocidos.

En esos instantes nos enteramos de que el encapuchado azul es nada menos que Virgil. Sí, Virgil, el mismo que murió en el Woglinde en manos de KOS-MOS. También, en la conversación que mantiene se habla de "algo" que pasaría si se uniera el Proto Merkabah, la Song of Nephilim y el verdadero Zohar. Ya dentro del Proto Merkabah, Albedo destruye toda la flota de la confederación. Además, esta nave absorbe a los Gnosis para obtener energía y seguir funcionando. Este lunático de Albedo no se conforma con destruir a la confederación. Ha apuntado a Second Miltia, y en cuestión de minutos estará cargada el arma para disparar y destruir el planeta. Antes de hablar con el capitán, abre todos los Segment Address, termina las búsquedas paralelas y combate con los jefes opcionales. Cuando lo hayas hecho, habla con el capitán Matthews para ir al Proto Merkabah y salvar a Second Miltia. Sal del Elsa y entra en el Merkabah. Baja las escaleras y ve hacia la izquierda. Destruye las cajas y encontrarás un Delphine. Usa el Dark Scepter de MOMO para obtener el arma más poderosa de chaos, el Holey Gloves. Vuelve y sube por la izquierda. Ahí encontrarás un Desfibrillator Vest. Sal y baja. Luego ve a la izquierda y sube. Sal por la puerta de la izquierda. Avanza por el camino y luego toma la escalera eléctrica que va hacia la derecha. Destruye las cajas y encontrarás 2 Ether Pack DX y 2 Frame Repair A. Ve hacia la derecha y baja las escaleras. Ya abajo, ve hacia la parte inferior de las escaleras y encontrarás 2 Bio Sphere y 2 Frame Repair Z. Sube por el camino por la parte de la derecha. En una caja hay un Ether Pack DX. Verás un panel amarillo en la parte superior derecha del mapa que deberás activar. Ve hacia la izquierda y activa el segundo panel. Baja por la parte inferior izquierda y activa el tercer panel. Baja y activa el cuarto panel. Sigue bajando, y en unas cajas encontrarás 2 Med Kit DX. Vuelve al segundo panel que activaste, el de la parte superior izquierda. Cuando lo hagas, ve un poco a la derecha y baja por las escaleras electrónicas. Llegarás a la parte superior en donde estabas antes. Allí, ve por la escalera eléctrica que va a la izquierda y da la vuelta en U por toda la estructura que subiste con los interruptores de la parte inferior. Al final verás un ascensor que deberás subir. Llegarás al piso 40 de Proto Merkabah. En esta etapa deberás entrar a todos los pisos he investigar lo que hay en las habitaciones interiores.