La historia empieza donde acaba el corto de Animatrix 'El Vuelo de Osiris'. La tripulación de Logon debe intentar recuperar a toda costa el paquete dejado por sus ya difuntos compañeros de armas, un paquete que puede contener información valiosísima que puede decantar el resultado final de la guerra de los humanos contra las máquinas.

Así pues, Niobe, Capitana de la nave Logon, y Ghost, el Primer Oficial, se cargan en Matrix con el objetivo de hacerse con él, y como preveían, encuentran mucha, mucha resistencia.