Ambientado seis meses después de los eventos ocurridos en su anterior entrega, Shinobido 2: Revenge of Zen muestra la otrora pacífica región de Utaka envuelta en una sangrienta guerra civil. Los jugadores se pondrán en el papel de Zen, traicionado por sus compañeros y abandonado herido de muerte. Escapando por poco de la muerte, Zen escoge seguir el camino del ninja.