Los actores aparecidos en dichas secuencias nos encargarán diversas misiones que en su mayoría se centran en capturar invizimals, seres hechos de luz que no pueden ser captados por el ojo humano, aunque ante la pantalla de PSP aparecen en todo su esplendor. Para capturar a uno de estos peculiares seres debemos enfocar la cámara de PSP hacia cualquier superficie plana presente en nuestro domicilio o fuera de él: una silla, una mesa, la carátula de una película, la portada de un libro… Mientras escaneamos nuestro entorno de esta, cuando menos original, manera debemos permanecer atentos a la pantalla de PSP, dado que en ella se nos mostrará un medidor que nos indicará lo cerca o lejos que nos encontramos de dar con un invizimal. También se incluye un sensor acústico que, cual contador geiger, hará que los altavoces de nuestra PSP crepiten cuando nos acerquemos a una de estas escurridizas criaturas.

Hay que tener en cuenta que el modo de captar a un invizimal difiere de una criatura a otra. Unas se encontrarán presentes a una determinada hora del día (o de la noche), mientras otras sólo aparecerán al enfocar la cámara de PSP hacia una superficie de tonalidad determinada (rojo, azul claro, azul oscuro, amarillo...). Si no obtenemos ningún éxito en nuestra búsqueda se nos ofrecerá una pista de hacia dónde debemos dirigir nuestra atención. Nos encontramos ante una vía para descubrir criaturas ciertamente original, ya que rastreamos nuestro propio entorno en lugar de los escenarios virtuales existentes en un Pokémon al uso. Sin embargo, el sistema no está todo lo bien implementado que sería deseable, tal vez por culpa de la más que efímera calidad de imagen de la cámara de PSP (1.3 megapíxeles).

Así, no son pocas las ocasiones en las que registraremos un invizimal tras enfocar la cámara de PSP sobre una superficie de un color distinto al indicado; o más bien puede darse el caso contrario, encontrándonos con que la criatura se muestra reticente a mostrarse pese a que la superficie que estamos escaneando cumple los requisitos de tonalidad que nos habían sugerido. También puede darse el caso de que, aunque todo vaya bien, el invizimal en cuestión no se deje ver hasta transcurrido un tiempo que el propio juego tiene a bien indicarnos. Y si pensáis que el viejo truco de adelantar el reloj interno de la consola nos ahorrará una espera innecesaria, lamentamos informaros de que dicha treta no nos será útil en esta ocasión. Debido a todo lo mencionado en el presente párrafo, no serán raras las ocasiones en las que nos quedemos atascados en el modo historia, viéndonos obligados a esperar un tiempo que a los más impacientes sin duda se les hará eterno a pesar de que mientras tanto podremos competir en alguno de los torneos desbloqueados previamente.

Una vez hayamos captado un invizimal, se nos pedirá que enfoquemos la cámara de PSP hacia nuestra particular trampa que también hace las veces de área de juego. Tras superar un sencillo minijuego en el que un par de símbolos idénticos girarán alrededor de la trampa, siendo nuestra labor la de pulsar el botón correspondiente cuando dichos símbolos se unan, la criatura en cuestión aparecerá al fin ante nosotros. Para hacernos con ella aún tendremos que superar un segundo minijuego, el cual ya es exclusivo de cada criatura. Desde controlarla (inclinando la consola a uno u otro lado) para que esquive las rocas ígneas que se precipitan sobre ella hasta dirigirla para que sobrepase diversos checkpoints, pasando por tratar de asustarla (gritando al micrófono de la Go!Cam), girar nuestra PSP para atacarla mientras esté de espaldas, no hacer el menor ruido o movimiento para aplastarla con nuestra propia mano cuando esté desprevenida… En definitiva, los minijuegos son tan variados y originales como la propia puesta en escena de Invizimals.

Tras capturar definitivamente a nuestra criatura, será el momento de llevarla a competir para que evolucione y se haga más poderosa. Los combates en Invizimals son bastante satisfactorios, requiriendo reflejos, estrategia, atención constante y una buena dosis de habilidad. De entrada, cada invizimal cuenta con cuatro ataques distintos, ejecutables mediante los botones frontales de PSP y encuadrados en una de seis categorías determinadas (corte, mordisco, ataque de lanzamiento…). Algo a tener muy en cuenta es que cada invizimal será completamente invulnerable a una determinada categoría, por lo que deberemos prestar atención y actuar en consecuencia. Puesto que, aunque rápidos y ágiles, nos encontramos ante combates por turnos, existe una barra que regula la cadencia de los ataques, situada justo bajo la de salud, la cual se denomina Stamina (que puede traducirse como Vigor).