La acción sin descanso de Prototype 2 tratará de sacar el mayor partido posible a la cuidad de Nueva York, que busca ser "un mundo vivo" a pesar del caos que crecerá en sus calles. La invasión vírica que golpea a esta recreación virtual de la urbe se expandirá a través de diferentes zonas que ofrecerán contextos alternativos, según explicó a MeriStation la compañía responsable del proyecto, Radical Entertainment. La ciudad se dividirá en tres zonas.

En palabras de los miembros del estudio, "Como habéis visto, están la zona verde, la roja y la amarilla, que van empeorando progresivamente en lo que respecta a la infección, a la población y a los sucesos que tienen lugar en dichas zonas. La zona verde parece ser una zona más bien normal, más libre de infección… pero está bastante militarizada, ya que allí están los cuarteles generales de Gentek y Blackwatch".

La segunda zona es la zona amarilla, "que es la de cuarentena, donde se ha metido gran parte de la gente que ha huido de la zona roja, te encontrarás con una zona superpoblada, con una ciudad creada por la emergencia y, por tanto, la arquitectura ha cambiado en dicha zona, algo genial para moverse. Pero Gentek y Blackwatch están experimentando con el virus en la población humana, por lo que el contexto en esa zona, a lo largo de las misiones, será muy distinto".

"Y luego está la zona roja, con mucha infección. Es poco probable que un civil sobreviva en esa zona, y es el hogar de Alex Mercer. Así que en esa zona volveremos a tener un contexto, unas misiones y un ambiente muy distintos. Queremos conseguir un mundo vivo, transmitido a través del modo en el que los habitantes de cada una de esas zonas actúan y se comportan. La idea es que cada una de esas zonas transmita no sólo misiones diferentes, sino también sensaciones distintas", concluye el miembro de Radical.