En una conferencia donde se ha presentado la versión HD de Zone of the Enders, el afamado diseñador de videojuegos Hideo Kojima de Kojima Productions reveló que está preparando una secuela del juego, que por el momento tiene como título provisional "Enders Project".

Según Famitsu.com, el juego aún se encuentra en fase de prototipo, por lo que el equipo de desarrollo se ha limitado a probar ideas con el motor gráfico Fox Engine. Uno de los miembros del estudio, el productor Ryosuke Toriyama, comentó al respecto que están diseñando esculturas de los modelos que incluirán en el juego y los están convirtiendo en modelos 3D compatibles con el motor gráfico Fox Engine. Por el momento, este nuevo proyecto no tiene fecha de lanzamiento.