La historia tiene lugar siglos después de que el primer Maestro Cocoon purificara al malvado Siervo del Bosque y se centra en un nuevo parásito llamado Kalma. Kahu, Maestro Cocoon, se adentrará con su compañero Nico en los 4 bosques en busca de los Orbes de los Maestros Cocoon antes de que el malvado Kalma haga lo propio.