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Volveremos a tener la Base Secreta en Pokémon Rubi Omega y Zafiro Alfa
El modo tendrá nuevas funciones gracias al StreetPass.
Disponible en los Pokemon Rubi y Zafiro originales de GBA, el modo Base Secreta nos permitía crear nuestras propias zonas escondidas y personalizarlas con muebles y otros elementos de decoración, e incluso estatuas Pokémon.
En la versión para 3DS de Rubí Omega y Zafiro Alfa, estas serán conocidas como las Super-Secret Bases. Básicamente funcionarán igual que las originales, aunque gracias al StreetPass de la consola tendrán más opciones, como el poder compartirlas y entrar como NPC, además de combatir contra sus Pokémon.
En caso de que nos guste, podemos convertirlos en Secret Pals, y traer al usuario a nuestra base como si él fuera un NPC. El tener un compañero secreto nos permite pelear contra sus pokemon cuando queramos y hasta usar sus habilidades especiales durante nuestro recorrido por el mundo del juego. También podemos visitar otras bases y robarles la bandera para aumentar nuestras estadísticas.