En Scooby-Doo! y el Pantano Tenebroso, Scooby-Doo, Shaggy, Daphne, Velma y Fred comienzan una nueva aventura para intentar desvelar el misterio que esconde una extraña chica. Los jugadores y sus amigos podrán explorar el pantano y otros lugares encantados como un pueblo nevado o una ciudad fantasma para descubrir todas las pistas que les lleven a resolver el misterio.