Aunque parezca una broma, Nintendo ha anunciado oficialmente que las dos versiones de Pokémon para GBA que existen actualmente y uno de los frutos principales de ingresos de la empresa, incluyen un "bug" o fallo que hace que, tras jugar con el juego un año, la pila interna que maneja el reloj se estropee y dé fallos de día / noche, salida de Pokémon en distintas horas y en definitiva mezclas entre personajes que veremos. Afortunadamente, sólo se ha anunciado este fallo en las versiones asiáticas y no en las occidentales, aunque no se ha desmentido que también pueda existir en algunos cartuchos.

Nintendo ha abierto sus puertas para los usuarios que dispongan de un cartucho defectuoso, ofreciendo la posibilidad de arreglar los cartuchos que contengan algún fallo. Pese a esto los usuarios de estos dos juegos han mostrado un gran descontento, puesto que como es natural sólo en Japón hay miles de cartuchos y repararlos todos sería una labor que ocuparía mucho tiempo.