La Segunda Guerra Mundial está a punto de concluir, las tropas aliadas han entrado en el corazón de la Alemania Nazi. Pero existen recelos entre los Rusos y el bloque occidental de Estados Unidos e Inglaterra, hay muchas divergencias en las formas de ver el mundo de cada bando y ya se miran con recelo los unos a los otros.

El argumento de Sniper Elite se basa en una situación hipotética en la que los Alemanes han conseguido fabricar una bomba atómica que no pudieron utilizar antes de la invasión de Berlin. A sabiendas de esto, el alto mando ruso ordena la búsqueda de la nueva arma por la ciudad, con la certeza de que encontrarla supondría una importante baza para sus relaciones futuras con sus aliados. El mando estadounidense, también conocedor de este hecho, decide mandar una tropa especial de infiltración a la capital alemana para adelantarse a los rusos, que es donde tu personaje interviene en su papel como uno de los mejores francotiradores del ejército.

El juego consta de 28 de misiones de infiltración y uso casi exclusivo del rifle de francotirador a través de una desolada ciudad.